År 1990 bildades Värmdö Montessoriförening, av entusiastiska och engagerade föräldrar som startade en montessoriförskola med en avdelning i Haghulta. Efterfrågan ökade och verksamheten växte till en förskola med tre avdelningar, som då flyttade till Grenska tomten där vi finns idag. Grantomtas föräldrar önskade även en skola som erbjöd montessoripedagogik.

Värmdö Montessoristiftelse bildas 1994 och parallellt med det ansökte stiftelsen hos skolverket att, i friskoleform, få bedriva både förskola och skolverksamhet t.o.m. årskurs 6. Tillstånd beviljades och den första 1 – 2:an öppnade dörrarna för 14 barn höstterminen 1994. Skolan växte och blev trångbodd. Efter intensiva förhandlingar med Värmdö kommun byggdes vår skola, som invigdes höstterminen 1998. Under resans gång har också önskemål från föräldrar gjort att vi vintern 1997 startade en småbarnsavdelning. Värmdö Montessoristiftelse bytte namn 2003 till Grantomta Montessoristiftelse.

Hösten 2009 stod den nya förskolan och skolresturangen klar. I samband med detta utökades skolan med ett tredje spår. Under 2011 fick vi tillgång till den nybyggda idrottshallen.