År 1990 bildades Värmdö montessoriförening, av entusiastiska och engagerade föräldrar som startar en enavdelnings montessoriförskola i Haghulta. Efterfrågan ökar och verksamheten växer till tre avdelningar förskola, som också flyttar till Grenska tomten där vi finns idag. Grantomtas föräldrar önskar även en skola som erbjuder montessoripedagogik.
Värmdö montessoristiftelse bildas 1994 och parallellt med det ansöker stiftelsen hos skolverket att, i friskoleform, få bedriva både förskola och skolverksamhet t.o.m årskurs 6. Tillstånd beviljas och den första 1:2:an öppnar dörrarna för 14 barn höstterminen 1994. Skolan växer och får lokalproblem. Efter intensiva förhandlingar med Värmdö kommun byggs vår skola, som invigs höstterminen 1998. Under resans gång har också önskemål från föräldrar gjort att vi vintern 1997 startade en småbarnsavdelning.
Från att ha varit ett renodlat föräldrarkooperativ under första hälften av 90-talet, drivs Grantomta i dag av stiftelsens styrelse, som har det yttersta ansvaret för verksamheten. I styrelsen ingår skolans rektor. Rektor och de 45 anställda fattar gemensamt alla beslut som rör den inre verksamhetens utveckling. Styrelsens uppgifter är av mera övergripande karaktär, som att noga följa den ekonomiska utvecklingen och sköta kontakter med Värmdö kommuns tjänstemän och politiker.
Grantomtaskolans mark ägs av Värmdö kommun och hyrs av stiftelsen.
Styrelseledamöter väljs på årsmötet av Grantomtas föräldrar, som samtliga tillhör Grantomtas stödförening. Stödföreningens enda uppgift är att välja ledamöter till Grantomta montessoristiftelse. Värmdö montessoristiftelse bytte namn 2003 till Grantomta montessoristiftelse, för att undvika sammanblandning med Värmdö montessoriförening.
Grantomtas föräldraråd består av föräldrarepresentanter från samtliga åldersgrupper i Grantomtas verksamhet samt av rektor.
Möten äger rum ca 2 gånger per termin.